У статті представлено результати біоінформатичного аналізу послідовностей основних генів вірусу імунодефіциту великої рогатої худоби (gag, env, pol). Отримано оновлені дані щодо філогенетичних зв'язків збудника. Встановлено існування щонайменше двох генетичних груп BIV, які мають спільне походження від єдиного пращура. Крім того, відзначено складність проведення повноцінного та всебічного аналізу послідовностей для повного розуміння еволюції та філогенетичних зв'язків вірусу. Визначено, що відсутність єдиного методологічного підходу щодо секвенування BIV у різних наукових спільнотах світу ускладнює аналізування та інтерпретацію отриманих даних. Запропоновано застосування технологій повногеномного секвенування для вирішення цього питання
Ключові слова: філогенетичні зв’язки, Lentivirus, Retroviridae
Gonda M. A. et al. Characterization and molecular cloning of a bovine lentivirus related to human immunodeficiency virus. Nature. 1987. Vol. 330, No. 6146. P. 388–391. DOI: https://doi.org/10.1038/330388a0.
Bouillant A. M., Archambault D. Le virus de l'immunodéficience bovine: brève revue. Annales de Recherches Veterinaires. 1990. Vol. 21, No. 4. P. 239–250.
Van der Maaten M. J., Boothe A. D., Seger C. L. Isolation of a virus from cattle with persistent lymphocytosis. Journal of the National Cancer Institute. 1972. Vol. 49, No. 6. P. 1649–1657. DOI: https://doi.org/10.1093/jnci/49.6.1649.
Keshavarz H., Mohammadi A., Morovati S. Evidence of bovine immunodeficiency virus: a molecular survey in water buffalo populations of Iran. Veterinary Medicine and Science. 2022. Vol. 8, No. 5. P. 2167–2172. DOI: https://doi.org/10.1002/vms3.872.
Meas S. et al. Infection of bovine immunodeficiency virus and bovine leukemia virus in water buffalo and cattle populations in Pakistan. Journal of Veterinary Medical Science. 2000. Vol. 62, No. 3. P. 329–331. DOI: https://doi.org/10.1292/jvms.62.329.
Esmailnejad A., Najafi H., Torfi Y. Molecular and serological evaluation of bovine leukemia virus in water buffaloes of southern Iran. Iranian Journal of Veterinary Medicine. 2020. Vol. 14, No. 1. P. 37–44. DOI: https://doi.org/10.22059/ijvm.2019.283696.1004998.
Battles J. K. et al. Immunological characterization of the gag gene products of bovine immunodeficiency virus. Journal of Virology. 1992. Vol. 66, No. 12. P. 6868–6877. DOI: https://doi.org/10.1128/jvi.66.12.6868-6877.1992.
Rodrigues A. P. S. et al. Molecular detection of bovine immunodeficiency virus (BIV) in bovines from the state of Minas Gerais, Brazil. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia. 2019. Vol. 71, No. 2. P. 711–714. DOI: https://doi.org/10.1590/1678-4162-10495.
González‐Fernández V. D. et al. First evidence of bovine immunodeficiency virus infection in Mexican cattle. Transboundary and Emerging Diseases. 2020. Vol 67. P. 1768–1775. DOI: https://doi.org/10.1111/tbed.13530.
Albernaz T. T. et al. Molecular detection of bovine immunodeficiency virus in water buffaloes (Bubalus bubalis) from the Amazon region, Brazil. Tropical Animal Health and Production. 2015. Vol. 47, No. 8. P. 1625–1628. DOI: https://doi.org/10.1007/s11250-015-0884-6.
Cooper C. R. et al. Natural selection of the pol gene of bovine immunodeficiency virus. Virology. 1999. Vol. 255, No. 2. P. 294–301. DOI: https://doi.org/10.1006/viro.1998.9572.
Thompson J. D., Higgins D. G., Gibson T. J. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Research. 1994. Vol. 22, No. 22. P. 4673–4680. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/22.22.4673.
Altschul S. F. et al. Basic local alignment search tool. Journal of Molecular Biology. 1990. Vol. 215, No. 3. P. 403–410. DOI: https://doi.org/10.1016/s0022-2836(05)80360-2.
Tamura K, Stecher G, Kumar S. MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 11. Molecular Biology and Evolution. 2021. Vol. 38, No. 7. P. 3022–3027. DOI: https://doi.org/10.1093/molbev/msab120.
