DOI: 10.36016/VM-2020-106-13

Ветеринарна медицина: міжвідомчий тематичний науковий збірник. 2020. Випуск 106. С. 73–77.

Завантажити повний текст (PDF)

ПІДБІР ОЛІГОНУКЛЕОТИДНИХ ПОСЛІДОВНОСТЕЙ З МЕТОЮ ДЕТЕКЦІЇ ГЕНЕТИЧНОГО МАТЕРІАЛУ CHLAMYDIA SPP. ЗА ДОПОМОГОЮ РЕАКЦІЇ АМПЛІФІКАЦІЇ

Павлов С. Л., Стегній Б. Т.

Національний науковий центр «Інститут експериментальної і клінічної ветеринарної медицини», Харків, Україна, e-mail: psl600@i.ua

У статті представлені результати біоінформатичного аналізу 112 послідовностей оперону 16s-23s рибосомальної РНК різних видів хламідій з метою пошуку консервативних ділянок, що є придатними для конструювання олігонуклеотидних послідовностей та флуоресцентного зонду для їх використання у ПЛР в режимі реального часу. Пошук послідовностей праймерів здійснювали за такою схемою: визначення таргетного гена та аналіз його варіабельності, пошук зон консервативності та обрання оптимальних регіонів для розрахунку праймерів. За результатами досліджень обрано послідовності, що фланкують ділянку довжиною 142 п. н. На підставі поглибленого in silico аналізу відповідності праймерів матриці та внутрішньовидової специфічності за допомогою FASTA on-line встановлено придатність для практичного використання двох праймерів та одного зонду для виявлення генетичного матеріалу хламідій різних видів

Ключові слова: хламідіоз, діагностика, ПЛР, праймери

Список літератури

Krauss H. et al. Zoonoses: infectious diseases transmissible from animals to humans. 3^rd ed. Washington, USA: ASM Press, 2003. P. 191–193. DOI: https://doi.org/10.1128/9781555817787.ch2.

OIE (World Organisation for Animal Health). Manual of diagnostic tests and vaccines for terrestrial animals (mammals, birds and bees). 8^th ed. Paris: OIE, 2018. 1833 pp.

Касич В. Ю., Фотина Т. И. Хламидиоз животных: этиология, распространение на северо-востоке Украины, средства специфической профилактики. Вісник Сумського національного аграрного університету. 2010. № 3. С. 89–98.

Rodolakis A. Yousef Mohamad K. Zoonotic potential of Chlamydophila. Veterinary Microbiology. 2010. Vol. 140, No. 3–4. P. 382–391. DOI: https://doi.org/10.1016/j.vetmic.2009.03.014.

De Puysseleyr K. et al. Development and validation of a real-time PCR for Chlamydia suis diagnosis in swine and humans. PloS One. 2014. Vol. 9, No. 5. P. e96704. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0096704.

Wolff B. J., Morrison S. S., Winchell J. M. Development of a multiplex TaqMan real-time PCR assay for the detection of Chlamydia psittaci and Chlamydia pneumoniae in human clinical specimens. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 2018. Vol. 90, No. 3. P. 167–170. DOI: https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2017.11.014.

Sachse K. et al. Recent developments in the laboratory diagnosis of chlamydial infections. Veterinary Microbiology. 2009. Vol. 135, No. 1–2. P. 2–21. DOI: https://doi.org/10.1016/j.vetmic.2008.09.040.

Tamura K. et al. MEGA4: Molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution. 2007. Vol. 24, No. 8. P. 1596–1599. DOI: http://dx.doi.org/10.1093/molbev/msm092.

Rozen S., Skaletsky H. Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. In: Misener S., Krawetz S. A. (eds) Bioinformatics Methods and Protocols. Totowa, NJ: Humana Press, 2000. P. 365–386. (Methods in Molecular Biology, Vol. 132). DOI: https://doi.org/10.1385/1-59259-192-2:365.

Pantchev A. et al. New real-time PCR tests for species-specific detection of Chlamydophila psittaci and Chlamydophila abortus from tissue samples. Veterinary Journal. 2009. Vol. 181, No. 2. P. 145–150. DOI: https://doi.org/10.1016/j.tvjl.2008.02.025.

Okuda H. et al. Detection of Chlamydophila psittaci by using SYBR green real-time PCR. Journal of Veterinary Medical Science. 2011. Vol. 73, No. 2. P. 249–254. DOI: https://doi.org/10.1292/jvms.10-0222.