Метою дослідження є визначення молекулярних маркерів для виявлення вірусу хвороби Шмалленберг за допомогою стандартної ПЛР з урахуванням генетичної структури збудника. Для отримання послідовностей геномних РНК вірусу використовували міжнародні бази даних GenBank, EMBL, DDBJ. Для проведення філогенетичного аналізу застосовували програму MEGA v. 4.0.2. Традиційні дендрограми були побудовані з використанням методу зв’язування найближчих сусідів. Аналіз філогенетичного дерева проводили шляхом візуальної оцінки його топології та попарних відстаней між компонентами вибірки. Множинне вирівнювання вибраних послідовностей, визначення молекулярних маркерів для виявлення вірусу хвороби Шмалленберг проводили за допомогою програми BioEdit v. 7.0.0 та модуля ClustalW MEGA 4. Підтверджено припущення щодо реасортації вірусу хвороби Шмалленберг. Установлено, що сегмент S вірусу є найбільш придатним молекулярним маркером для виявлення вірусу хвороби Шмалленберг шляхом стандартного варіанту ПЛР. Вибрана відповідна система праймерів, яка може бути надалі використана для розробки методу індикації генетичного матеріалу вірусу хвороби Шмалленберг
Ключові слова: молекулярний маркер, ПЛР, РНК
Кухаркина О. В., Борисова О. А. Болезнь Шмалленберга (обзор). Труды Федерального центра охраны здоровья животных. 2014. Т. 12, № 1. С. 86–102.
Спрыгин А. В. и др. Болезнь Шмалленберга: молекулярно-биологические особенности и клиническая картина. Сельскохозяйственная биология. 2012. № 6. С. 24–34. DOI: https://doi.org/10.15389/agrobiology.2012.6.24rus.
Hoffmann B. et al. Novel orthobunyavirus in cattle, Europe, 2011. Emerging Infectious Diseases. 2012. Vol. 18, No. 3. P. 469–472. DOI: https://doi.org/10.3201/eid1803.111905.
Челнокова М. И., Шутенков А. Г., Сулейманов Ф. И. Вирус Шмалленберг — потенциальная угроза скотоводству России. Известия Великолукской государственной сельскохозяйственной академии. 2014. № 3. С. 23–27.
Абакин С. С., Красовская Т. Л., Кононов А. Н. Эпизоотическая ситуация по болезни Шмалленберга в Европе и Российской Федерации. Сборник научных трудов Всероссийского научно-исследовательского института овцеводства и козоводства. 2014. Вып. 7, т. 1. С. 160–168.
Garcia-Bocanegra I. et al. Monitoring of Schmallenberg virus in Spanish wild artiodactyls, 2006–2015. PLoS One. 2017. Vol. 12, No. 8. Р. е0182212. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0182212.
Tamura K. et al. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution. 2007. Vol. 24, No. 8. Р. 1596–1599. DOI: https://doi.org/10.1093/molbev/msm092.
Никитина Е. Г. и др. Болезни Акабане и Шмалленберга: сходство и различия. Сельскохозяйственная биология. 2013. № 4. С. 48–52. DOI: https://doi.org/10.15389/agrobiology.2013.4.48rus.
Yanase T. et al. Genetic reassortment between Sathuperi and Shamonda viruses of the genus Orthobunyavirus in nature: implications for their genetic relationship to Schmallenberg virus. Archives of Virology. 2012. Vol. 157, No. 8. Р. 1611–1616. DOI: https://doi.org/10.1007/s00705-012-1341-8.
Bowen M. D. et al. A reassortant bunyavirus isolated from acute hemorrhagic fever cases in Kenya and Somali. Virology. 2001. Vol. 291, No. 2. P. 185–190. DOI: https://doi.org/10.1006/viro.2001.1201.
Kęsik-Maliszewska J., Larska M. Detection of Schmallenberg virus RNA in bull semen in Poland. Polish Journal of Veterinary Sciences. 2016. Vol. 19, No. 3. Р. 655–657. DOI: https://doi.org/10.1515/pjvs-2016-0083.
Schuz C. et al. European interlaboratory comparison of Schmallenberg virus (SBV) real-time RT-PCR detection in experimental and field samples: The method of extraction is critical for SBV RNA detection in semen. Journal of Veterinary Diagnostic Investigation. 2015. Vol. 27, No. 4. Р. 422–430. DOI: https://doi.org/10.1177/1040638715593798.
Lee J.-H. et al. Detection and differentiation of Schmallenberg, Akabane and Aino viruses by one-step multiplex reverse-transcriptase quantitative assay. BMC Veterinary Research. 2015. Vol. 11. Р. 270–274. DOI: https://doi.org/10.1186/s12917-015-0582-7.
Bilk S. et al. Organ distribution of Schmallenberg virus RNA in malformed newborns. Veterinary Microbiology. 2012. Vol. 159, No. 1–2. P. 236–238. DOI: https://doi.org/10.1016/j.vetmic.2012.03.035.
Сальников Н. И. и др. Выявление генома вируса болезни Шмалленберг методом ОТ-ПЦР в реальном времени. Ветеринария. 2012. № 8. С. 57–58 URL: https://elibrary.ru/item.asp?id=17866940.
